Bên cạnh đó, Thông tư 94/2016/TT-BTC còn
quy định phí thẩm định đề án, báo cáo thăm dò, khai thác, sử dụng nước
dưới đất; khai thác, sử dụng nước mặt; xả nước thải vào nguồn nước, công
trình thủy lợi. Theo đó, tùy thuộc vào điều kiện cụ thể tại địa phương,
mức thu sẽ được quy định cho phù hợp. Đơn cử như việc thu phí thẩm định
đề án, báo cáo thăm dò, khai thác, sử dụng nước dưới đất: Không quá
400.000 đồng/1 đề án thiết kế giếng có lưu lượng nước dưới 200 m3/ngày
đêm. Không quá 1.100.000 đồng/1 đề án, báo cáo hăm, dò, khai thác có lưu
lượng nước từ 200 m3 đến dưới 500 m3/ngày đêm. Không quá 2.600.000
đồng/1 đề án, báo cáo thăm dò, khai thác có lưu lượng nước từ 500 m3 đến
dưới 1.000 m3/ngày đêm. Không quá 5.000.000 đồng/1 đề án, báo cáo đối
với đề án, báo cáo thăm dò, khai thác có lưu lượng nước từ 1.000 m3 đến
dưới 3.000 m3/ngày đêm.
Đối với việc thu phí thẩm định đề án,
báo cáo khai thác, sử dụng nước mặt và đề án, báo cáo xả nước thải vào
nguồn nước, công trình thủy lợi, Thông tư cũng quy định các mức phí khác
nhau.
Về lệ phí cấp giấy phép thăm dò, khai
thác, sử dụng nước dưới đất, được sửa đổi, bổ sung như sau: Lệ phí cấp
giấy phép thăm dò, khai thác, sử dụng nước dưới đất là khoản thu đối với
tổ chức, cá nhân được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy phép thăm
dò, khai thác, sử dụng nước dưới đất theo quy định của pháp luật.
Mức thu lệ phí cấp giấy phép thăm dò,
khai thác, sử dụng nước dưới đất tối đa không quá 150.000 đồng/1 giấy
phép. Trường hợp gia hạn, điều chỉnh nội dung, cấp lại giấy phép, áp
dụng mức thu tối đa không quá 50% (năm mươi phần trăm) mức thu cấp giấy
lần đầu.